Ngày 1/10/2008 là thời hạn cuối cùng các Cty kinh doanh chứng khoán phải chuyển tài khoản của các nhà đầu tư chứng khoán cho ngân hàng thương mại nơi khách hàng lựa chọn giao dịch. Tuy nhiên nhiều khó khăn đang đặt ra từ chính các Cty chứng khoán.

Một là, mỗi khách hàng, mỗi nhà đầu tư  thường có nhiều tài khoản tại các NHTM khác nhau. Thậm chí không ít khách hàng có tới trên 10 tài khoản. Như vậy để phục vụ đầy đủ nhu cầu của khách hàng, mỗi Cty chứng khoán phải kết nối chương trình phần mềm giao dịch với hàng chục NHTM. Điều này gây tốn kém rất lớn cho mỗi Cty chứng khoán và cũng là điều không thể. Bởi vì chi phí cho kết nối của một Cty chứng khoán với mỗi NHTM đã lên tới 500 triệu đồng. Trong bối cảnh thu nhập, hiệu quả kinh doanh của các công ty chứng khoán như hiện nay, thì khó có thể bỏ ra chi phí lớn như vậy. Thực tế các Cty chứng khoán cho rằng họ chỉ có thể kết nối được với 1-2 NHTM mà thôi.

Không chỉ có vậy, nhiều nhà đầu tư có nhiều tài khoản tại các NHTM, nhưng không ít tài khoản cũ, tài khoản không hoạt động. Do đó đây cũng là một khó khăn lớn cho các Cty chứng khoán.

Hai là, chương trình phần mềm giao dịch giữa Cty chứng khoán và NHTM không tương thích với nhau. Bản thân giữa các Cty chứng khoán chương trình phần mềm của mỗi Cty cũng khác nhau, của các hãng khác nhau, mức độ hiện đại hoá khác nhau, với các NHTM tình trạng không tương thích còn lớn hơn. Do đó việc kết nối mạng giao dịch giữa NHTM và Cty chứng khoán trở nên hết sức khó khăn.

Ba là, mức độ ổn định trong giao dịch, chất lượng kết nối giao dịch giữa NHTM và Cty chứng khoán cũng là điều băn khoăn lớn. Hiện nay bản thân không ít NHTM trong giao dịch nội bộ, giao dịch thanh toán với khách hàng còn gặp tình trạng nghẽn mạch, mạng bị treo, mạng bị lỗi. Một khoản tiền thanh toán điện tử liên ngân hàng của khách hàng có khi vài giờ tiền mới tới được tài khoản nơi chuyển tới. Tình trạng này rơi vào các giờ cao điểm giao dịch của NHTM, tức là khoảng 9 - 11 giờ sáng, cũng tức là giờ cao điểm của Cty chứng khoán. Trong khi giao dịch chứng khoán đòi hỏi phải online, giao dịch tức thời, rất chính xác, an toàn và bảo mật, đáp ứng kịp thời các lệnh giao dịch của khách hàng. Nên căn cứ đền bù thiệt hại cho nhà đầu tư và trách nhiệm của NHTM hay Cty chứng khoán khi gặp phải sự cố lệnh giao dịch của nhà đầu tư bị chậm, hay không thực hiện được các lệnh mua, lệnh bán chứng khoán,... thì ai chịu trách nhiệm, thiệt hại được đền bù như thế nào?

Bốn là, khả năng tích hợp thông tin và bảo mật thông tin của các nhà đầu tư khi chuyển tài khoản từ Cty chứng khoán sang NHTM có được đảm bảo không. Trong khi đó tình trạng quá tải hoặc một số vấn đề nảy sinh tại một số NHTM không phải là điều an tâm cho các nhà đầu tư cũng như các Cty chứng khoán.

Năm là, cơ sở pháp lý cho thực hiện việc chuyển tài khoản. Bởi vì cần có Thông tư liên bộ giữa NHNN và Bộ Tài chính để hướng dẫn thực hiện các quy định có liên quan; trong đó có việc quy định rõ trách nhiệm đối với khách hàng như nói ở phần trên, cũng như các vấn đề có liên quan.