Trong quá trình thực hiện thanh khoản, hoàn thuế đối với các doanh nghiệp sử dụng tờ khai sao y bản chính (do bị mất tờ khai), một số Cục Hải quan địa phương đã gặp vướng mắc với trường hợp tờ khai hải quan của doanh nghiệp bị mất và đã được sao y trước thời điểm Công văn số 5353/BTC-TCHQ và Thông tư 194/2010/TT-BTC được ban hành.
Trước đây, theo quy định hồ sơ thanh khoản, hoàn thuế được nêu tại Thông tư 79/2009/TT-BTC ngày 20/4/2009 (đã được thay thế bởi Thông tư 194/2010/TT-BTC) thì doanh nghiệp phải sử dụng tờ khai bản chính để được thanh khoản, hoàn thuế. Để tạo thuận lợi cho doanh nghiệp bị mất tờ khai vì những lý do khách quan, bất khả kháng, ngày 25/4/2011, Bộ Tài chính đã có Công văn số 5353/BTC-TCHQ cho phép doanh nghiệp được sử dụng tờ khai sao y bản chính trong thực hiện thanh khoản, hoàn thuế.
Tuy nhiên, tại Cục Hải quan TP.Hồ Chí Minh phát sinh một số trường hợp doanh nghiệp đề nghị thanh khoản, hoàn thuế nhưng tờ khai gốc (bản lưu người khai hải quan) bị mất và được sao y bản chính, gởi thông báo về việc doanh nghiệp mất tờ khai đến các Cục Hải quan tỉnh, thành phố trên toàn quốc trước khi có hướng dẫn tại Công văn số 5353/BTC-TCHQ nêu trên (trong đó có cả trường hợp được sao y đã lâu – tờ khai đăng ký năm 1996, 1997, sao y bản chính năm 2003, đến nay tờ khai bản lưu hải quan đã hủy theo quy định).
Để giải quyết vấn đề trên và với mục đích hỗ trợ, tạo thuận lợi cho doanh nghiệp đồng thời vẫn đảm bảo đúng quy định về quản lý hải quan, Cục Hải quan TP.Hồ Chí Minh đã gửi lên Tổng cục Hải quan một số đề xuất như: “Đối với các trường hợp doanh nghiệp đã được sao y tờ khai và thông báo tờ khai bị mất trên toàn quốc trước khi Bộ Tài chính ban hành Công văn số 5353/BTC-TCHQ thì được sử dụng tờ khai đã sao y để thực hiện thanh khoản, hoàn thuế và không cần phải thông báo nữa, các quy định khác nêu tại Công văn số 5353/BTC-TCHQ vẫn phải thực hiện theo hướng dẫn tại Công văn này (kể cả việc phải có văn bản đề nghị các Cục Hải quan tỉnh, thành phố xác nhận chưa giải quyết thanh khoản, hoàn thuế cho tờ khai doanh nghiệp khai báo mất…đối với trường hợp quy định tại phần II của Công văn này). Việc ghi xác nhận thanh khoản trên tờ khai: theo quy định tại Điều 129 Thông tư 79/2009/TT-BTC ngày 20/4/2009 của Bộ Tài chính (nay là Điều 130 Thông tư 194/2010/TT-BTC ngày 06/12/2010 của Bộ Tài chính) thì thực hiện ghi xác nhận thanh khoản, hoàn thuế trên tờ khai hải quan bản gốc do người nộp thuế nộp, do đó trong trường hợp doanh nghiệp sử dụng tờ khai sao y trong thanh khoản, hoàn thuế thì sử dụng bản sao y tờ khai đó để ghi xác nhận và sao lại 1 bản để lưu vào hồ sơ thanh khoản, hoàn thuế.”
Tô Thành